Francisco Pizarro llegó a Sevilla en enero de 1529. Se entrevistó con Carlos V y logró que se le otorgase, mediante las Capitulaciones de Toledo, la gobernación de Nueva Castilla que abarcaba 200 leguas al sur del pueblo de Tunipampa, hecho que lo convertía en dueño del Perú. Diego de Almagro, su socio, sólo recibía honores. Ello provocó una ruptura que casi hizo fracasar la tercera expedición. Almagro solicitó se le concediera su propia gobernación, petición que fue desestimada. Sin embargo, una vez conocidos los primeros resultados de la conquista del Perú, Carlos V, el 21 de mayo de 1534, expidió nuevas capitulaciones en América del Sur.
A la gobernación de Nueva Castilla, concedida a Francisco Pizarro en 1529, se le agregaron70 leguas haciéndola llegar a las proximidades del Cuzco (14" 03' Lat. S.).

Luego se otorgó la gobernación de Nueva Toledo a Diego de Almagro. Comprendía desde el límite de la anterior y se extendía 200 leguas al sur, es decir, hasta las cercanías de Taltal (25" 31' Lat. S.).

A continuación venía la gobernación de Nueva Andalucía, asignada a Pedro de Mendoza, que englobaba otras 200 leguas alcanzando el paralelo 36" 57' Lat. S.
Simón de Alcazaba recibió la gobernación de Nueva León con límite en el paralelo 48" 22' Lat. S. Poco después ella fue cedida a Francisco de Camargo, prolongándosela hasta el Estrecho de Magallanes.
En 1539 se otorgó una quinta gobernación, la de Terra Australis, a Pedro Sancho de Hoz. Las capitulaciones sólo señalaban la extensión de norte a sur; de este a oeste deberían abarcar ambas costas o tocar la línea del Tratado de Tordesillas. Ello probablemente indicaba un deseo de la corona: que el concesionario explorase y conquistase también hacia el interior. Los lindes de las gobernaciones fueron determinados sin previos conocimientos del territorio, hecho que originaría graves problemas.
Almagro cuando fue notificado que se le había hecho justicia con la gobernación de Nueva Toledo, pensó que el Cuzco quedaba dentro de su jurisdicción, y por ello se posesionó de la ciudad a pesar de la resistencia de luan y Gonzalo Pizarro. Vuelta la cordura, Almagro decidió emprender la conquista de su gobernación, desconociendo aún sus exactos confines. Daba así cumplimiento a un anhelo expresado muchos años antes. A tal efecto, y en espera de la real cédula confiriéndole la gobernación aceptó que la ciudad del Cuzco quedase bajo la autoridad de Francisco Pizarro